Свою историю семинария начинает с пастырско-богословских курсов открытых в 1996 г. После, в 1999 г. было открыто двухгодичное Духовное училище. В 2001 г., в связи с подготовкой к реорганизации Духовного училища в семинарию срок обучения повысился до 5 лет.
В том же году был заложен фундамент храма во имя Собора Ивановских святых и начаты переговоры о надстройке над зданием училища третьего этажа.
Еще этот год был знаменателен тем, что был произведен первый выпуск воспитанников занимавшихся по двухлетнему курсу обучения.
17 июля 2002г. Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение об открытии Иваново-Вознесенской Духовной семинарии.
Архиепископ Иваново-Вознесенский и Кинешемский Амвросий дал свое архипастырское благословение семинарии быть названной в честь Святителя Алексия митрополита Московского, и всея Руси.
В 2003 г . семинария получила государственную лицензию на деятельность в сфере высшего профессионального религиозного образования, подписанную Министром образования РФ Филипповым В.М. и таким образом стала новым высшим учебным заведением